La tarea misionera en el colegio Esquiú empieza ya en 6º grado, con Infancia Misionera. El objetivo principal es salir al encuentro del otro, encarando pequeños proyectos misioneros que culminan en una pequeña misión que realizan durante un domingo en la localidad de Abbott, Prov. de Buenos Aires, en la cual comparten la jornada con los chicos de ese lugar.
También realizan tareas de apoyo a las Misiones de los chicos grandes.

El itinerario misionero continúa con el Grupo Misionero de 1º y 2º año.
El mismo misiona en los barrios suburbanos de la Ciudad de Gualeguay, jurisdicción de la Parroquia Ntra. Sra. De Pompeya a cargo de su Párroco, el Padre José María Castro. Aquí llegamos por mandato del Obispo de Gualeguay, Monseñor Jorge Lozano. Este grupo está a cargo del ex alumno y catequista Nicolás Armellín, con el acompañamiento del Padre Juan Gabriel Arias, Asesor Espiritual de Secundaria del Colegio.
En esta misión, como en cualquier misión, los chicos visitan las casas, acompañados de adultos y de alumnos mayores; y organizan juegos con los chicos del lugar.
Siempre la idea de una Misión es hacer presente en las personas a un Jesús cercano, que los visita y que se preocupa por ellos.

Lo que llamamos en el Colegio "Misión Grande" es el Grupo Mi.Es. (Misioneros Esquiú). Este grupo, liderado por Tomás Ciminari, catequista del Colegio y Nicolás Armellín, está conformado por alumnos de los tres últimos años y ex alumnos.
Nació en 1996 por iniciativa del Coordinador de Catequesis de aquel momento Gustavo Escobar. Desde aquel momento todos los años se ha viajado a Catamarca y se han ido visitando distintos pueblos.
Los primeros 10 años visitamos pueblos del Departamento Fray Mamerto Esquiú: Pirquitas,  Pomancillo Este y Oeste,  Collagasta,  La Carrera,  La Tercena, y Sierra Brava. Desde 2006, comenzamos a visitar pueblos del Departamento vecino de Ambato, y ya nos han recibido en El Bolsón,  Banda Sud,  Los Castillo y Singuil.
Además del Padre Juan Gabriel Arias, en esta aventura nos acompaña también el Padre Ricardo Fernández Caride, Asesor Espiritual de Primaria del Colegio.

Todos los años, realizamos una Peña en el colegio, a beneficio de la Misión, para ayudar a solventar los gastos.
Grupo P.I.E.R. (Programa de Integración Educativa Regional): A fines de 2006 ya toma forma este proyecto de un Grupo de Ex alumnos pertenecientes al Grupo Mi.Es. y destinado inicialmente a proveer de Becas Estudiantiles que solventan fundamentalmente el traslado de jóvenes de los pueblos visitados, a ciudades en las que adquieren estudios terciarios o universitarios.
Les aconsejamos entrar en la página del grupo para obtener mayor información sobre este proyecto: www.grupopier.com.ar

Colectas

También como parte de la Vocación misionera del Colegio y colaborando con estas Misiones, se realizan varias colectas durante el año, a saber:
Durante el mes de Junio: juntamos alimentos para llevar a los pueblos de Catamarca.
Durante el mes de Octubre: juntamos ropa para llevar a la Parroquia Ntra. Sra. De Pompeya, de Gualeguay.
Además de estas dos colectas fijas, siempre se realizan algunas otras para emprendimientos ocasionales y puntuales.